飛王宮所供奉的李府千歲係由南鯤鯓分靈而來，早在清朝時代與三姓寮、下寮、鹽水堀這些村落共同在三姓寮庄尾的地方建造一座廟宇，裡面供奉了三十多尊神明，後來因為日本統治台灣，推行皇民化政策，到處毀寺廟燒神像，因此這些村落的人，便各自想辦法，保留住廟內的神明，因而廟內的神明，有的被日本人燒毀，有的流落到各地村落。
吳天時先生於日據時期擔任飛沙保正，有一天晚上夢見李府千歲，顯靈指點，欲尋一地點宏法揚道廣被神蹟，於是吩咐郭川先生，去請李府千歲本尊返來供奉，到了1945年(民國34年)台灣光復後，才蓋了一座簡陋的草廟奉祀，取名「飛龍台宮」此為飛王宮之前身。
台灣光復不久後發生二二八事件，當時派駐飛沙派出所有一位外省籍警察，對人很蠻橫苛薄，怕被台灣人修理迫害，就躲到飛沙保正吳天時先生住處，吳天時先生平時為人熱心，樂意助人，就顧用一位三條崙的漁夫，利用夜間將那位外省籍警察送到澎湖避難，就這樣不久之後，吳天時先生就被人誤會密告當局政府，說他迫害外省人，於是被抓出關起來，村裡的人及他的家人都很著急，不知如何是好，便天天跑去廟裡乞求神明保佑，後來過不了多久，這位外省籍的警察果然從澎湖回來做證，證明吳天時先生並未加害外省人，而後才被釋放平安歸來，全村的人都知道吳天時先生平時篤信李府千歲，才能得神明保佑平安無事，所以全村的人對李府千歲更信奉不渝。
到了1958年(民國47年)，飛沙眾弟子有感於李府千歲神威浩蕩德被四方，不宜再居草寮。吳天時先生發起重建廟宇，眾信徒紛紛響應，於是在現今的地址，有錢出錢，有力出力，參與義工，因為當時的經濟環境仍相當困難，資金短缺，不敢設計建造寬廣宏偉富麗堂皇的款式，但求監固耐用為主，廟宇建成之後，改名為「飛王宮」。
飛王宮竣工落成舉辦安座入火慶典，全村大拜拜辦桌宴請親友，適巧吳天時先生有一位略知堪輿學的朋友來給他請客時就預言說：「此廟建成之後，必會保佑眾信徒，日後飛沙一定會出貴人。」
到了1960年至1980年度，這位朋友所說的預言果然應驗了，飛沙地方真的產生出現了鄉長、鄉農會總幹事、縣議員、國大代表、立法委員，在台灣省地方自治史上，可說是絕無僅有，也讓地方引以為自豪。
就因如此，飛王宮李府千歲遠近馳名，慕名前來朝拜者絡繹不絕，香火鼎盛神威遠播，已成眾信徒的信仰中心，近來年由於經濟發達交通便利，每年遠從各地前來進香者日益眾多，昔飛王宮的建築頓感狹窄，又歷久失修青丹剝蝕老舊不堪，已不敷眾黎庶朝仰，飛王宮管理委員會因而召開信徒大會，議決擬定重建，並擇期於1999年(民國88年)農曆九月，開始拱(關)大輦，祈求扶鑾起駕，每晚一開始就鑼鼓喧天，參與關大輦的人也非常熱絡。直到子時過後方才休息，經過七個多月，花費一百多萬元，李府千歲卻沒有起駕指示，信徒議論紛紛，逐祈求神明指點，方知飛王宮廟地產權不清楚，李府千歲不敢扶鑾起駕裁決。
之後飛王宮管理委員會指派專人，來往台東、高雄、林厝寮、三條崙、四湖及口湖鄉的台子村等地，費盡苦心再三奔波協調，耗費了很長的時間才辦妥過戶登記。
土地產權登記清楚之後，2001年九月管理委員會再度請示李府千歲允茭，於農曆十月初二日開始關大輦，從農曆十月初二日到農曆十月十六日止剛好半個月時間，要起駕的那天晚上，李府千歲指定四位國中和國小的學生，要他們擔任關大輦的任務，起駕之後就擇定現址，並將一根很粗的竹棍插入地下兩台尺之多，並制定方向，實在是一種奇蹟，顯現出李府千歲微妙的神蹟，更讓人意想不到的是，飛王宮委員會為慎重起見，請示要聘請一位堪輿師來加以鑑定，竟然相中一位留美博士的堪輿師，決定於2001年農曆十二月初九日破土動工，讓人心服口服，神威無邊，肅然起敬。信賴十方大德支持，出錢出力，資約新台幣五千餘萬元於2006年4月竣工落成，從止廟貌巍峨，雕樑畫棟，規模之宏偉，今非厝比矣。
