台南慈雲寺座落於台南市北區公園路七四六巷四五號
緣自民國三十四年(西元一九四五年)以前(日據時代)，居住於舊稱馬車寮(現今台南市公園路)信徒蘇啟大德前往大崗山超峰寺參拜並乞請觀世音菩薩回家供奉膜拜。多年後菩薩顯靈，遠近相傳。
佛祖金尊由閭里廣大信眾輪流奉請回宅第鎮宅，並祈求菩薩保佑平安，尤其信徒子弟赴外島服兵役，菩薩顯靈保佑均得平安退伍回鄉最為鄰里稱道。
本寺供奉主神開基觀世音菩薩，信眾尊稱正尊佛祖、暨佛祖大副尊、佛祖二副尊、佛祖三副尊、佛祖五副尊、十八尊者、如來太子、中壇元帥、天上聖母、四虎將軍等神祇。
民國五十三年(西元一九六四年)菩薩顯靈賜示現址為建寺用地，名曰《慈雲寺》。同年並成立籌建委員會暨管理委員會，並依法取得寺址用地，正式著手創建慈雲寺。慈雲寺坐北朝南，遙望祖寺大崗山超峰寺，建築風格亦仿超峰寺，具飲水思源感恩之意義。
第一屆管理委員會委員計有鄧榮昌、陽甲乙、楊倉綿、李水湖、李條、王樹木、郭清源、毛金鐘、黃茂祥、謝福、吳德然、曾甲寅等十二位大德，建寺竣工完成。全體委員合獻『慈雲普照』匾額乙面，置昇於寺中。吉置日期為歲次乙巳年(西元一九六五年)陽月(十月)。
委員會精心策劃，信眾踴躍捐獻緣金，建寺工程順利完工。委員會於青龍方室堂入口右壁立銅質碑文乙面，碑之右上方題曰:慈雲寺新建獻金芳名流念，捐獻者首位列名大德為鄧榮昌-參萬伍仟元正，其餘捐獻緣金大德記有壹佰玖拾參位，刻立芳銘暨捐獻金於銅碑上，永誌盛舉。立碑日期中華民國伍拾肆年十月吉日(西元一九六五年)，銅質碑文由黃老長大德敬獻。
寺內主香爐係以珍奇的青斗石為石材精雕而成。香爐之前緣正中，龍首朝天，兩側握把則為雙獅聳立，莊重沉穩；造型古樸著麗，雕工細膩至極，栩栩如生，凝視香爐，崇敬之心，油然而成。經專家(成大歷史系何培夫教授)考證應是自唐山過台灣時，隨著移民潮展轉來台。依雕工考證，應是大陸福建泉州師傅之手藝。該香爐被發現時，轟動一時，被譽為台南瑰寶。香爐係民國乙巳年(西元一九六五年)賴金清大德捐獻。
民國五十八年(西元一九六五年)歲次乙酉年，增建兩側室堂，室堂建築用地部分為道路地，產權為信徒吳朱蒼大德所有，時價肆萬伍仟元。吳朱蒼大德發心捐獻；另有壹佰零肆名信徒大德共同捐獻建築緣金，完成興建。管理委員會立大理石碑紀年，記載捐獻者芳名暨金額，立碑日期歲次乙酉年。碑文係歲次甲寅年(西元一九七四年)桐月由黃瑞琳大德捐獻。
本寺佛祖會創會會長賴芳雄暨會員計十五名，蒙佛祖賜准，恭塑十八尊者佛像於正殿兩側，莊嚴肅穆，慈雲寺格局臻於完備。佛像既塑，佛祖會提字曰：民國六十二年(西元一九七三年)歲次癸丑年花月(二月)竣工，境內佛祖會敬獻。
本寺於民國六十六年(西元一九七七年)歲次丁巳年葭月(十一月)舉行第一屆建醮大典，攻德圓滿，神人同慶，建醮委員會於青龍方位室堂入口左邊牆壁上立有大理石碑乙面。以茲紀念。碑文載曰：台南市慈雲寺丁巳年葭月第一屆建醮捐獻芳名紀念碑，主會李銀樹大德，其餘捐獻緣金之大德共計肆百壹拾壹名，芳名及金額均詳細臚列，永誌感恩。吉置日期為：中華民國六十七年(西元一九七八年)歲次戊午年陽月。
開基金爐年久耗損，第九屆管理委員會於民國捌拾玖年(西元二零零零年)重建金爐，隔年(西元二零零一年)農曆五月十八日正式謝土啟用。管理委員會成立大理石碑紀念，碑上刻立捐獻大德芳名，列首名者：王樹木大德捐壹拾萬元整，另七十三名捐獻大德芳名暨金額全部臚列，碑中並刻有『第九屆委員會監造』等字。
恩蒙正尊佛祖賜准，恭塑寺中原有三副尊暨五副尊兩佛祖金身。第十屆管理委員會主任委員賴金雹大德率同全體委員及信士大眾，於民國九拾肆年(西元二零零五年)農曆六月十九日，恭請雙尊金身前往大崗山超峰寺，由慈雲寺佛祖主壇開光點眼大典。嗣後每年農曆二月十九日觀世音佛祖佛誕日，依照慈雲寺舉辦之祝壽大典格局舉行祭拜儀式。
慈雲寺硬體建設臻於完備。土地所有權為台灣省私立台南仁愛之家，慈雲寺長期依約承租。土地共三筆，寺地總面積(包含建築面積、寺埕、已購置尚未拆除建物之土地)合計三百九十二點 二坪 。
台南市慈雲寺第十屆管理委員會:
主任委員: 賴金雹
副主任委員: 王 天
常務財務委員: 林烈陽
常務總務委員: 賴添源
常務祭典委員: 賴芳雄
常務監察委員: 吳自發
祭典組長: 謝賜村
財務委員: 賴美英
總務委員: 毛海龍 楊永格
呂讚益 謝明上
韓英俊
祭典委員: 陳弘義 唐全寶
吳坤福
監察委員: 林國華 王耀德
轎班會長: 賴水國
委員 毛海龍大德蒐集史料
末學 黃 來 鎰 敬 撰
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