蘇厝長興宮主祀玉敕代天巡狩十二瘟王，為典型的瘟王廟宇，奉祀張、余、侯、耿、吳、何、薛、封、趙、譚、盧、羅十二府千歲爺。據廟方記載，清康熙18年(1679)三月，某夜，有一船隨著潮水漂入台江，擱淺在台江內海蘇厝庄西的溪埔地。翌日，庄民登舟探望，只見艙內遍插 12 支綢製令旗，
上書「玉敕代天巡狩(十二行瘟王)」，始知此船係自大陸建醮酬神，漂洋過海而來，庄民認為王船航靠，乃為吉祥之兆，必將帶來地方繁榮，於是眾人將十二瘟王等神眾恭迎入庄，並在曾文溪畔（日治直加弄庄蘇厝三三五番地）蓋了草庵安座奉祀。
嗣後，王爺神威顯赫，有求必應，遠近聞風前來參拜者日增，香火鼎盛。後因曾文溪氾濫，溪流經常改道之因，草庵屢次遷徙，清道光3年（1823) 7 月大雨，曾文溪改道造成蘇厝庄毀，其後庄民南遷重建庄社，並再建草庵奉祀瘟王。迨至同治6年（1867）眾信認為草庵實非祀神之所，且為感念神恩浩蕩，乃倡議興建廟宇，完竣後並請清朝舉人王藍石題字命名「長興宮」。
同治10年（1871）地方善士王賞發起增建之議，興建左右兩護室，廟貌更具規模。
日治時期，皇民化運動廢廟除神，加以曾文溪流屢犯水患，日人以築堤防災為由，強行拆除宮廟，廟中神祗只得暫居集會所。
戰後，王海存、蘇元成、趙金保等地方仕紳鑑於廟堂簡陋狹窄，難以彰顯神威，有辱神尊，乃倡議重建，於民國37年（1948）廟宇竣工，並請新化鎮秀才王則修題字，益增宮殿之輝。
民國62年（1973）再度興工修繕，使宮廟外貌臻於善美。
民國74年(1985)年鑑於堂殿狹小，香客絡繹、堂廟不敷使用，遂議擴建，並於隔年6月25日動土興工。民國77年（1988）舉行入火安座，至民國82年（1993）竣工，成為今日之廟貌。
祭典
蘇厝長興宮為十二瘟王的開基祖廟，據廟方記載，自乾隆37年(1772），啟建第一科王醮來叩謝神恩，開啟蘇厝送王船的歷史，之後即依神示每逢丑、辰、未、戌年即舉行一科，迄今很少間斷。
長興宮內主祀十二瘟王，平時只有「王令」未見「金身」，在舉行王醮以前，才由紙糊師傅恭塑綢製金身，且先讓紙糊金身放置曾文溪上的竹筏幾天，起鼓入醮當晚再迎請，以象徵慎終追遠，飲水思源。在七天的王醮期間，千歲爺坐鎮於王府，所以每天各會首、甲首皆須著正式禮服，早、中、晚前往王府裡去覲朝，再循正式儀禮，擊鼓、獻供、投文、領文、稟事、參謁等程序，進行「祀王」儀式。 王醮結束翌日上午舉行燒王船，由全庄總動員，維持以集體肩扛王船送王之俗，扛王船至曾文溪溪畔，添載後待自然火化送行。
長興宮建醮初以「放水流」（遊地河）方式送王，首科王船曾泊靠於西港鄉(今台南市西港區)八份下宅十八欉松凹湖處，為當地庄民迎奉於八份姑媽宮長達三十九載歲月後，被迎入西港慶安宮奉祀，而發展出有名的「西港王船祭典」，據傳西港王爺為溯本思源，蘇厝是其在台開基祖地，曾回蘇厝降駕指示：「今後建醮王船改為火化」。且定蘇厝建醮在先，西港隨其後，兩地相隔一月，此後，蘇厝王船遂依神示由「放水流」而改為火化（遊天河），時至今日，西港香香路轄境綿延九十六村鄉，堪稱台灣第一香。
蘇厝長興宮王船醮迄今仍保留許多傳統的瘟王醮科儀，被公認為全台保留最傳統的瘟王祭典，其宗教文化資產價值被受台南縣政府肯定，於民國99年正式登錄台南縣縣定民俗。
